針對填料保留機理的不同（填料保留目標化合物或保留雜質(zhì)），操作稍有不同。
目標化合物保留模式
固相萃取操作一般有四步：
①活化----除去小柱內(nèi)的雜質(zhì)并創(chuàng)造一定的溶劑環(huán)境。
②上樣----將樣品用一定的溶劑溶解，轉(zhuǎn)移入柱并使組分保留在柱上。
③淋洗----最大程度除去干擾物。
④洗脫----用小體積的溶劑將被測物質(zhì)洗脫下來并收集。（注意流速不要過快）
雜質(zhì)保留模式
固相萃取操作一般有三步：
①活化----除去柱子內(nèi)的雜質(zhì)并創(chuàng)造一定的溶劑環(huán)境。
②上樣----將樣品轉(zhuǎn)移入柱，此時大部分目標化合物會隨樣品基液流出，雜質(zhì)被保留在柱上，故此步驟要開始收集。
③洗脫----用小體積的溶劑將組分淋洗下來并收集，合并收集液。（注意流速不要過快）
 
不可忽視傳統(tǒng)的液體萃取
　　有些人在初次接觸固相萃取時，總覺得它能取代液體萃取，實際上就象毛細管電泳無法取代液相色譜一樣。固相萃取在某些場合比液體萃取合適，但是在更多情況下，還是傳統(tǒng)的液體萃取更可靠更合適。這一點從目前實驗技術(shù)的實際發(fā)展可以得到印證。
　　關(guān)于液固萃取，我們不要僅僅把它看作是一個提取過程，從另一個角度來看，它還是一個凈化過程，是把固形干擾物排除凈化的過程。理解這一點，有助于我們優(yōu)化選擇實驗方法。
一般被柱中吸附劑吸附的被測物及干擾物的總質(zhì)量不應(yīng)超過吸附物總質(zhì)量的5%。洗脫劑的體積一般應(yīng)是萃取柱柱床體積的2-5倍。